Laboratorium Pelayanan PPKS sebagai Laboratorium Penguji dan telah mendapatkan sertifikat akreditasi sejak tahun 2010 oleh Komite Akreditasi Nasional (KAN), berdasarkan sistem jaminan mutu SNI ISO/ICE 17025 : 2017 dengan SK KAN No. LP-472-IDN untuk lingkup pengujian pupuk, minyak sawit (dan turunannya), daun (jaringan tanaman), tanah, air dan air limbah, yang berlaku sampai dengan tanggal 18 Nopember 2027. Juga sertifikat akreditasi lab kalibrasui dengan SK No. LK-400-IDN, tanggal terbit 29 Maret 2023, dan berlaku sampai tanggal 28 Maret 2028.
Laboratorium Pelayanan PPKS memberikan jasa analisis dan pengujian mutu sampel daun, tanah, pupuk, minyak sawit, air limbah dan kalibrasi yang berasal dari berbagai perusahaan perkebunan negara, swasta, asing, maupun perorangan, serta lingkup intern PPKS dalam menunjang kegiatan pelayanan dan penelitian.
Berkaitan dengan hal tersebut, Laboratorium Pelayanan PPKS dibagi menjadi beberapa Laboratorium, yaitu Laboratorium Tanah, Laboratorium Daun, Laboratorium Pupuk, Laboratorium Minyak Sawit, Laboratorium Air dan Air Limbah, serta Laboratorium Kalibrasi
